seleccionar pàgina

Filogenètica algebraica i combinatòria

Filogenètica algebraica i combinatòria

Dates
del 19 de juny al 7 de juliol de 2017
Durada
3 setmana
Ubicació
UPC, UPF i PRBB (Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona)
Hi ha una demanda creixent de visualitzar la interacció entre les matemàtiques i altres ciències. La interacció entre les matemàtiques i la biologia ha tingut una explosió des de l'era genòmica d'aquest mil·lenni quan s'ha fet possible la seqüenciació de genomes i els ordinadors estan plens de dades biològiques. Aquest programa mensual de BGSMath és l'oportunitat de fer visible aquesta interacció fins i tot des del que normalment es coneix com a “matemàtiques pures” i de beneficiar-se de la comunitat bioinformàtica de primer nivell de Barcelona. La filogenètica és l'estudi de les relacions ancestrals entre espècies. El seu interès es basa no només en l'estudi dels processos evolutius que van donar lloc a les espècies vives (actuals?), sinó també en la relació directa amb la genòmica (genòmica comparada) i en camps emergents com la traçabilitat de cèl·lules canceroses.
Dates
del 19 de juny al 7 de juliol de 2017
Durada
3 setmana
Ubicació
UPC, UPF i PRBB (Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona)
DESCRIPCIÓ BREU
els organitzadors
Organitzarem algunes sessions de xerrades aportades durant les setmanes del curs (1a i 3a setmanes).
Veure programació.
Llista dels grups de recerca de BGSmath implicats en la proposta
Amb el suport del Ministeri d'Economia i Competitivitat, a través del Programa d'Unitats d'Excel·lència en R+D “María de Maeztu” (MDM-2014-0445).
registre
La data límit per sol·licitar el suport econòmic era Febrer 20th 2017.

Per a la inscripció i l'enviament del cartell, ompliu-ho forma.

L'única restricció de mida d'un pòster és que la pantalla del pòster no ha de ser superior a 1 metres d'amplada x 2 de llargada.

Si ja us heu registrat, podeu procedir al pagament seguint els enllaços:

Hi haurà un número especial de la Butlletí de Biologia Matemàtica sobre Mètodes Algebraics en Filogenètica. Els participants del programa mensual BGSMath estan convidats a enviar els seus treballs. Per a més detalls, clica aquí.

El termini per inscriure's és De maig de 31st, 2017.

Si us plau, tingueu en compte que Barcelona està molt plena a l'estiu, així que reserveu el vostre allotjament el més aviat possible.
Aquí hi ha una llista de possibles hotels i residències que poden ajudar.

Presentation
Hi ha una demanda creixent de visualitzar la interacció entre les matemàtiques i altres ciències. La interacció entre les matemàtiques i la biologia ha tingut una explosió des de l'era genòmica d'aquest mil·lenni quan s'ha fet possible la seqüenciació de genomes i els ordinadors estan plens de dades biològiques. Aquest programa mensual de BGSMath és l'oportunitat de fer visible aquesta interacció fins i tot des del que normalment es coneix com a “matemàtiques pures” i de beneficiar-se de la comunitat bioinformàtica de primer nivell de Barcelona. La filogenètica és l'estudi de les relacions ancestrals entre espècies. El seu interès es basa no només en l'estudi dels processos evolutius que van donar lloc a les espècies vives (actuals?), sinó també en la relació directa amb la genòmica (genòmica comparada) i en camps emergents com la traçabilitat de cèl·lules canceroses.

Aquest programa no només busca aplicacions interdisciplinàries de les matemàtiques, sinó que també busca interaccions intradisciplinàries. Encara que és més o menys conegut que l'estadística, la probabilitat, la computació, les equacions diferencials i l'algorítmica tenen un paper important en la biologia, la bioestadística i la bioinformàtica, probablement és menys evident que àrees com la combinatòria, la geometria i l'àlgebra també puguin interactuar amb la biologia. La combinatòria sempre ha estat una part important de la filogenètica, sobretot perquè l'ús de xarxes ha demostrat ser rellevant en aquest camp. L'àlgebra i la geometria han aparegut en filogenètica a través de la nova disciplina "estadística algebraica".

Continguts del programa
Proposem l'organització d'un mes dedicat a l'estudi de eines combinatòries i algebraiques utilitzades en filogenètica.

Durant els darrers deu anys s'ha observat un gran progrés en l'estudi i disseny de models matemàtics i mètodes de reconstrucció filogenètica. Una gran part d'aquest desenvolupament es deu a l'àlgebra i la combinatòria. Per resumir aquest progrés i comunicar-lo a un públic matemàtic més ampli, és important organitzar un programa on els matemàtics (que treballen en àlgebra, combinatòria, geometria, computació, algorítmica, probabilitat o estadística) i biòlegs  puguin presentar els principals èxits en aquest camp.

L'objectiu principal d'aquest programa és doble: a despertar l'interès dels matemàtics per la recerca aplicada en biologia, I per reunir matemàtics de diferents disciplines. Per tant, el programa serà tant interdisciplinari com intradisciplinari.
Proposem l'organització de dos cursos, una centrada aspectes combinatoris de filogenètical'altre més orientat algebraicament. El programa es conclourà amb un taller.

Creiem que això ofereix una bona oportunitat per a aquells estudiants de doctorat i postdoctorats que realitzen investigacions en àrees relacionades sense cap coneixement previ de filogenètica, i, alhora, per als investigadors sèniors que estiguin interessats a obrir el ventall d'aplicacions de la seva recerca i aprendre noves eines i enfocaments.

Els dos cursos serien impartits per figures destacades en aquests camps de recerca, que han confirmat la seva participació: Mike Steel (Universitat de Canterbury, Christchurch NZ), Arndt von Haeseler (Centre de Bioinformàtica Integrativa de Viena) i Piotr Zwiernik (Universitat Pompeu Fabra)

Objectius
Els objectius del programa intensiu són diversos:

  • Donar a conèixer les eines algebraiques i combinatòriques utilitzades en filogenètica als estudiants de doctorat, postdoctorants i investigadors sèniors que treballen en aquestes àrees.
  • Difondre i explicar les eines matemàtiques entre els bioinformàtics.
  • Conèixer els resultats assolits recentment en filogenètica, amb especial èmfasi en la diversitat d'eines matemàtiques i estadístiques que es podrien utilitzar.
  • Enfortir els llaços entre diferents grups de recerca en temes similars aquí i fora de Catalunya.
  • Augmentar la interacció entre bioinformàtics i matemàtics que treballen a Barcelona.
  • Atreure nous estudiants de doctorat a aquest camp interdisciplinari.
  • Crear un grup de treball interdisciplinari a Barcelona amb investigadors que treballin en diferents camps
Planificació i programació
Setmana 1 

Curs de Mike Steel i Arndt von Haeseler sobre Filogenètica i combinatòria (19 -23 de juny):

Conferència 1  Introducció a la filogenètica (Arndt); Combinatòria bàsica d'arbres discrets (Mike)
Conferència 2 Filogènies contínues i reconstrucció a distància (Arndt); Filogènies basades en caràcters discrets (Mike)
Conferència 3  Evolució en un arbre (primera part) (Arndt); Forma d'arbre i filogènies discretes aleatòries (Mike)
Conferència 4  Evolució en un arbre (part 2) (Ardnt); Evolució dels arbres (Mike)
Conferència 5 Supertrees i Supermatrices: (Ardnt); Xarxes filogenètiques (Mike)

https://sites.google.com/view/acphyl2017/week-1?authuser=0

Setmana 2

Taller de filogenètica algebraica i combinatòria (Juny 26-30)

Setmana 3

Curs de Piotr Zwiernik curs sobre Estadístiques semialgebraiques, models d'arbres latents i filogenètica (3-7 de juliol):

Lliçó 1: Arbres, mètrica de l'arbre i espais arbrat
Lliçó 2: Models gràfics d'arbres latents
Tema 3: Inferència i estimació d'arbres
Tema 4: Estimació de paràmetres
Conferència 5: Submodels especials

Mestres
Durant aquest Programa Mensual tindrem l'oportunitat de participar en un curs impartit per :
És el director del Centre de Recerca de Biomatemàtica de Nova Zelanda i un dels principals investigadors en filogenètica. Un indicador de la seva rellevància és el seu índex h, que és de 55 (segons Google Erudit), 40 (Scopus) i 13 (MathSciNet). En el seu treball utilitza eines de combinatòria, probabilitat, topologia. A més, és un orador excel·lent i experimentat.
Lidera un dels millors equips de bioinformàtica d'Europa i n'és el director Centre de Bioinformàtica Integrativa de Viena. El seu equip ha desenvolupat un dels programes filogenètics més utilitzats, IQ-tree. L'alta qualitat de les seves investigacions i publicacions es confirma amb el seu índex h, que és 45 (segons Scopus).
Treballa els aspectes matemàtics dels models estadístics i, per sort, és a la Universitat Pompeu Fabra des del gener de 2016. Recentment ha escrit el llibre “Estadística semialgebraica i models d'arbres latents” (2015) i és l'orador perfecte per emfatitzar el paper de l'àlgebra en la filogenètica.