El nostre grup de recerca desenvolupa i millora mètodes de reconstrucció filogenètica basats en eines matemàtiques, especialment eines algebraiques, semialgebraiques i geomètriques. Això implica estudiar models de substitució molecular des d'un punt de vista matemàtic per garantir la identificació dels paràmetres i proporcionar eines de selecció de models (incloent tant el model evolutiu com la selecció d'arbre o xarxa). La nostra recerca es troba a les fronteres de la reconstrucció filogenètica, l'estadística algebraica, la geometria algebraica i l'àlgebra computacional.
PÀGINA DE GRUP @ UPC
RESPONSABLES DE GRUP
Marta Casanellas
UPC-CRM
marta.casanellas@upc.edu
Després d'acabar el meu doctorat en geometria algebraica a la Universitat de Barcelona, em van concedir una beca Fulbright per fer un postdoctorat a la UC Berkeley sota la supervisió de Robin Hartshorne. Després em vaig traslladar a la Universitat Politècnica de Calaunya amb contracte Ramon y Cajal. En aquell moment, vaig començar a canviar els interessos cap a les aplicacions de la geometria algebraica en filogenètica. En aquest nou camp he contribuït estudiant la geometria dels models evolutius i aportant nous mètodes de reconstrucció filogenètica que es basen en tècniques algebraiques. He realitzat més de quaranta publicacions, sol o en col·laboració amb investigadors internacionals. He estat investigador principal d'un equip de 20 científics i actualment sóc professor titular del Departament de Matemàtiques de la UPC.
Jesús Fernández
UPC-CRM
jesus.fernandez.sanchez@upc.edu
Poc després d'acabar la meva tesi doctoral en teoria de la singularitat a la Universitat de Barcelona, vaig obtenir una beca de recerca (programa Juan de la Cierva) per traslladar-me a la Universitat Politècnica de Catalunya i continuar treballant en àlgebra de geometria i aplicacions a la filogenètica. Aquesta recerca es realitza principalment en col·laboració amb Marta Casanellas, i se centra en l'estudi de la geometria de models evolutius per idear nous mètodes de reconstrucció filogenètica basats en eines de geometria algebraica, àlgebra commutativa, teoria de representació de grups i estadística. L'any 2010 vaig ser convidat pels professors Peter Jarvis i Jeremy Sumner per allotjar-me a la Universitat de Tasmània i col·laborar en el disseny de models de substitució de nucleòtids amb bones propietats matemàtiques. La meva recerca ha donat lloc a més de 30 publicacions. Actualment sóc professor associat del Departament de Matemàtiques de la UPC.
...
.
PUBLICACIONS
| M. Casanellas, J. Fernández-Sánchez, J. Roca-Lacostena, El problema d'incrustació de matrius de Markov, Publicacions Matemàtiques (2023) 67(1), 411-445 | LLEGIR |
| M. Casanellas, J. Fernández-Sánchez, M. Garrote-López, SAQ: mètode de reconstrucció del quartet semialgebraic, IEEE/ Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (2021), 18 (6), 2855-2861 | LLEGIR |
| M. Casanellas, S. Petrovic, C. Uhler, Estadística algebraica a la pràctica: aplicacions a les xarxes, Anual Review of Statistics and its Applications (2020), vol. 7, 227-250 | LLEGIR |
| M. Casanellas, J. Fernández-Sánchez, M. Michalek, Equacions locals per a models evolutius equivariants, Avenços en matemàtiques (2017) , 315, 285-323. | LLEGIR |
| J. Fernández-Sánchez, M. Casanellas, Enfocament invariant versus clàssic quan l'evolució és heterogènia entre llocs i llinatges, Biologia sistemàtica (2016), 65 (2), 280-291. | LLEGIR |
| M. Casanellas, J.Fernández-Sánchez, Invariants filogenètics rellevants dels models evolutius, J. Mathématiques Pures et Appliquées 96 (2011), 207-229. | LLEGIR |
| M. Casanellas, J. Fernández-Sánchez, Realització d'un nou mètode d'invariants en arbres de quartet homogenis i no homogenis, Biologia molecular i evolució, 24(1):288-293, 2007. | LLEGIR |
| Michael D. Woodhams, Jesús Fernández-Sánchez, Jeremy G. Sumner, Una nova jerarquia de models filogenètics coherents amb taxes de substitució heterogènies, Biologia sistemàtica 0(0):1-13 (2015) DOI: 10.1093/sysbio/syv021 | LLEGIR |
Programari desenvolupat
- ASAQ
(de M. Garrote): reconstrucció filogenètica algebraica i semialgebraica per a quartets - SAQ (de M. Garrote): reconstrucció filogenètica semialgebraica per a quartets
- Erik+2 (de M. Casanellas i J.Fernández): programari per a la reconstrucció de la topologia del quartet mitjançant invariants.
- SPIn (per A. Kezdierska) programari per a la selecció de models de models evolutius mitjançant invariants.
- GenNon-h (per A. Kedzierska): programari per generar seqüències que evolucionen sota un procés de Markov (en temps discret) en un arbre amb longituds de branques determinades.
- EMPar (per A. Kedzierska) EM per a l'estimació de paràmetres de models de Markov en arbres
Membres anteriors (projecte de grau o màster, estudiants de doctorat o postdoctorat)
Jordi Roca-Lacostena
Gustavo Cilleruelo
Raúl Pérez Gonzalo
Alba Puy